في أي تطورعلمي أو تقني تكون هناك انتقادات وتنتشر المخاوف . وهذا ما حصل في الثورة الصناعية الأولى وعند اختراع الكمبيوتر و عند ظهور الهندسة الوراثية وغيرها.
تتركز المخاوف بالنسبة لتقنية النانو فيما يلي:
الأول : أن النانو جزيئات صغيره جدًا إلى الحد الذي يمكنها من التسلل وراء جهاز المناعة في الجسم البشري.
الثاني: الخوف من أن يصبح النانوربوت ذاتي التكاثر, أي:تصبح طريقة تكاثره تشبه الطريقة الموجود عند المخلوقات الحية، حيث يمكنه أن يتكاثر بلا حدود وبدون سيطرة وتقنين ، وبالتالي يسيطر على كل شيء على وجه الكرة الأرضية.
الثالث: يتخوف مصنعي الشرائح في الكترونيات الدوائر المتكاملة ، بشأن ما سيحدث عندما تبدأ مصانعهم بتصنيع شرائح تحمل خصائصاً نانوية . ليس بسبب ازدياد التكلفة الهائل فحسب ، بل لأن خصائص مواد هذه الشرائح على مقياس النانو ستتغير مع تغير حجمها للمقياس النانوي.
لذا هناك توجه لاعتماد طرق جديدة ثورية لتصميم الشرائح المتكاملة. وسوف تصبح جميع المبادئ الأساسية في صناعة الشرائح قابلة للتغيير وإعادة النظر فيها، فإعادة تصميم و صناعة الشرائح لن تحتاج إلى التطوير فحسب ؛ بل ستحتاج إلى ثورة تتغير معها المفاهيم والتطلعات، هذه المعضلات استرعت انتباه عدد من أكبر الشركات للبدء في تغيير استراتيجياتهم لضمان مستقبل الشرائح النانوية بحول الله.